Temeli H901 tarihinde atılmış 1544 yılında tamamlanmıştır. Hacı Sinan (Şeyh Murat El Hac Mehmet Sinan Çelebi İbn-i Ali bin Emir Ahmet) tarafından Basra Tepesi üzerinde yapılmıştır. Tipik Osmanlı Mimari özellikleri gösterir. Kare şeklinde inşa edilmiş olupdaha sonra doğu-batı yönünde eklemeler yapılmış fakat simetriği bozulmamıştır. On dokuz kubbesi vardır.
Hacı Sinan Camiine bağlı olarak yapılan medrese, dörder bölmeli olarak iki adet yapılmıştır. On altı kubbesi vardır. Sonradan aş evi olarak da kullanılmıştır. Medresenin avlusunda bulunan sütun başlıklarının Lidyalılardan kaldığı sanılmaktadır.